微生物代谢国家重点实验室2011年4月获科技部批准立项建设，2013年10月通过建设验收正式运行。实验室聚焦微生物代谢基础理论的研究，面向国家在生物技术产业的战略需求，以微生物代谢研究为主线，以代谢途径的揭示与优化为核心，形成了微生物合成代谢、微生物分解代谢、微生物代谢互作三个相互联系、互为依托的研究方向。实验室现有专职研究人员68人，其中教授（研究员）37名，已形成一支出类拔萃的中青年科研生力军。
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