魏冬青

姓名: 魏冬青

职称: 教授

E-Mail: dqwei@sjtu.edu.cn

个人主页: http://tacc2008.sjtu.edu.cn/

联系电话: 021-34204573

  • 个人简历:

    ⑴个人简介

     魏冬青, 长聘教授。Springer SCI期刊"Interdisciplinary Sciences Computational Life Sciences"主编, J. Mol. Graph and Modeling, "Molecular Simulation"10家杂志编委。发表SCI文章250多篇,主编专著9部,SCI引用超过 5000次,H因子47 任国际交叉科学科学学会会长,卫生信息学会大数据应用评估与保障专业委员会副主委。

     

    ⑵教育经历

    19789-19811月, 河南师范大学,化学学士

    19812-19851月, 河南师范大学,物理化学硕士

    19859-19877月, 美属多黎各大学获化学物理学博士

    19878-199212 加拿大不列颠哥伦比亚大学做博士后研究和研究学者

     

    ⑶工作经历

     

    19931-20062 加拿大麦吉尔大学/加拿大计算及其应用研究中心,任研究员

    19997-20007月北京大学教授

    20062月起任微生物代谢国家重点实验室/上海交通大学生物信息与生物统计系教授、长聘教授

     

    ⑷荣誉奖励

    1.         上海交通大学科技奖,2013;

    2.   “分子模拟与计算机辅助药物设计”荣获第十五届上海交通大学优秀教材(本科生适用)二等奖, 2014
    3.   《科学通报》 年度最具贡献作者, 2012
    4.   上海交通大学“横山亮次(Yokoyama Ryōji)优秀论文奖”, 2011
    5.   药学学报优秀论文奖, 2006

     

    ⑸学会兼职

    Springer期刊Interdisciplinary Sciences Computational Life Sciences (交叉科学 计算生命科学)主编, 国际交叉科学家联合会主席(International Association of Scientists in The Interdisciplinary Areas(IASIA))卫生信息学会大数据应用评估与保障专业委员会副主委, 中国交叉科学学会副理事长兼生物信息学专业委员会主任委员, Molecular Simulation”, Journal of Molecular Modeling and Graphics” 等十家杂志编委。

     

  • 结构生物信息学

    Structural Bioinformatics

    计算机辅助药物设计:通过虚拟筛选获得治疗阿尔兹海默症的候选药物wgx-50(花椒素),通过分子模拟和大量实验分析其作用机制,开发治理阿尔兹海默症药物。

    通过分子模拟和自由能计算,揭示抗流感病毒药物抑制病毒质子通道蛋白(M2)的分子机理及一些抗药性突变的产生机制。

     

    计算生物物理学  

    Computational Biophysics

    离子跨膜调控:通过改进的分子模拟方法,揭示了不同带电离子或基团跨膜渗透过程中膜形变与水链形成的重要作用和过膜机制的差异,模拟了抗菌肽和离子的跨膜动力学和调控机制。

    酶的理性改造和设计:首次发现突变位点Lys21的突变可以改变木糖还原酶改变氧化还原酶的辅酶依赖性并提高催化效率,研究了基因多态性对CYP450酶代谢特性的影响以及结构动力学调控机制。

     

    生物统计学 Biostatistics

    人工智能大数据与精准医学:收集相关数据构建出与CYP450酶家族相关的药物小分子数据库,通过生物统计学算法预测单核苷酸多态性(SNP)、底物特异性、酶促反应米氏常数(Michaelis constant)、药代动力学参数(ADME)等重要性质,构建在线预测平台。

     


  • 1.         Ying Wang, Xiao-Lin Wu*, Dong-Qing Wei*, Jing-Fang Wang*, Yi-Xue Li, “Auto-inhibitory Mechanism for Mutation-Induced Impaired FGF Signaling”, J. Chem. Inf. Model., 52(9), 2422-9(2012).

    2.         Qi Chen , John K. Buolamwini , Jeremy C. Smith , Aixiu Li , Qin Xu , Xiaolin Cheng* , and Dong-Qing Wei*, Impact of Resistance Mutations on Inhibitor Binding to HIV-1 Integrase”,J. Chem. Inf. Model., 53 (12), 3297–3307(2013).

    3.        Ruo-Xu Gu, Limin Angela Liu*, Dong-Qing Wei*, “Structural and Energetic Analysis on Drug Inhibition of the Influenza A M2 Proton Channel”,  Trends in Pharmacological Sciences, 34, 571(2013).

    4.        Peng Lian, Hao-Bo Guo, Jeremy C. Smith, Dong-Qing Wei* and Hong Guo*, “Catalytic Mechanism and Origin of High Activity of Cellulase TmCel12A at High Temperature: A Quantum Mechanical/Molecular Mechanical Study”, Cellulose 21, 1(2014).

    5.        Yukun Wang, Dan Hu* and Dong-Qing Wei*, “Transmembrane Permeation Mechanism of Charged Methyl Guanidine”, J. Chem. Theory Comput., 10 (4), 1717–1726(2014).

    6.         Yukun  Wang, Tangzheng  Zhao, Dong-Qing  Wei*, Erik  Strandberg, Anne  Ulrich, Jakob Ulmschneider*, “How reliable are molecular dynamics simulations of membrane active antimicrobial peptides?”, BBA – Biomembranes 1838(9), 2280–2288(2014).

    7.         Huai-Meng FanRuo-Xu GuYun-Long PiYan-Jing Wang,Yonghong ZhangQin Xu, Dong-Qing Huang Wei, “The Destabilization of Alzheimer's Aβ42 Protofibrils with a Novel Drug Candidate WGX-50 by Molecular Dynamics Simulations”, J. Phys. Chem. B., 119 (34): 11196-202(2015).

    8.        Hui-Yuan Zhang, Qin Xu, Yu-Kun Wang, Tang-Zhen Zhao, Dan Hu, Dong-Qing Wei, “The Passive Transmembrane Permeation Mechanisms of Monovalent Ions Explored by Molecular Dynamics Simulations”. Journal of Chemical Theory and Computation 12,4959-4969(2016).

    9.        Cheng-Dong Li, Qin Xu, Ruo-Xu Gu, Jing Qu, Dong-Qing Wei, “The Dynamic Binding of Cholesterol to the Multiple Sites of C99: Revealed by Coarse-Grained and All-Atom Simulations”,  Physical Chemistry Chemical Physics 01/2017;, DOI:10.1039/C6CP07873G

    10.    Meena Kumari Kotni, Mingzhu Zhao, Dong-Qing Wei, “Gene expression profiles and protein-protein interaction networks in amyotrophic lateral sclerosis patients with C9orf72 mutation”, Orphanet Journal of Rare Diseases 11/2016; 11(1)., DOI:10.1186/s13023-016-0531-y.

     

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    长期从事生物信息学与计算机辅助药物设计的研究工作。早期的工作涉及离子溶液、极性液体以及铁电液晶体系的统计力学理论研究,在诸多领域取得开拓性成果,从理论上证明了铁电液晶的存在。 开发了分子模拟与计算机辅助药物设计软件SAMM,构建了多个生物信息数据库,如小分子数据库,中药有效成分数据库,细胞色素P450酶多态性基因型-表型相关性数据库。利用支持向量机,神经网络和贝叶斯等非线性方法开发了多个统计预测模型以及基于web的软件工具并应用到药物组合,基于多靶标的药物构效关系,药物代谢动力学和基因表型相关性的研究。此外结构生物信息学方面做了大量的工作。利用同源建模的方法预测出了多个蛋白质的3D结构,丰富并完善了由序列到结构的结构生物信息学方法。系统开展了重要膜蛋白(Alpha7, PLN, M2 of Influenza A and B)DNA-蛋白体系(Sox2-Oct1-Hoxb1),以及重要工业用酶(脂肪酶T1 lipase)的分子动力学模拟研究。首次发现突变位点Lys21的突变可以改变木糖还原酶改变氧化还原酶的辅酶依赖性并提高催化效率,研究了基因多态性对CYP450酶代谢特性的影响以及结构动力学调控机制。提出了DNA转录的Tethered-Hopping 模型,和药物小分子调控离子通道开关以及脂肪酶高温活性的分子机制。

    将现代计算机药物设计方法和中药有效成分等数据库应用到药物设计和分子优化的实践中,比如,病毒(SARS,HIV,H5N1,H1N1)和老年痴呆等疾病的药物设计。 发现了花椒有效成分WGX-50的抗衰老作用,对CYP450酶进行了系统研究,从不同人的基因多态性出发,研究酶对药物代谢动力学的规律,对个性化用药和药物设计进行了初步探索。 最近在A型流感病毒M2跨膜蛋白质子通道分子调控机制的研究中取得重要进展,成果发表在《美国化学会志》(JACS)上。它解释了相互矛盾的实验现象,有助于阐释药物调控离子通道的机理,对于药物设计有一定的指导作用。

     

    发表SCI文章250多篇,主编专著9部,SCI引用超过 5000次,H因子47