报告人：    郝柏林 院士

复旦大学理论生命科学研究中心

报告时间：2013年4月25日 14:00-16:30

报告地点：上海交通大学闵行校区系统生物医学研究院一楼学术报告厅

联系人：    赵立平教授（电话34204878）

内容简介：

我们纪念Carl Woese(1928--2012年12月30日)这位伟大的微生物学家。他带来了生物三大超界(domains)的概念和16S/18S rRNA序列分析方法。然而，16S rRNA分析的弱点之一，是它不具备在种(species)以下的分辨能力。串接大量“核心”基因并进行联配(alignment)，可以达到很高的分辨率，但人们总可以质疑所得结果的客观正确性，因为基因片段的选择和序列联配必然带有主观随意性。我们需要不含参数(parameter-free)的分析方法。“不含参数”这个带理论物理色彩的要求也可以在生物学里实现。我们将举例说明CVTree就是一种这样的方法。当前不断发表的细菌基因组，代表“新”属、科、目、纲、门的越往上越少，而来自亚种以下的却不断增加。构建同一个细菌的几十个菌株的亲缘树，超乎16S rRNA序列分析的可能，而靠蛋白质序列联配等传统手段又极其耗时费力，借助CVTree却几乎可以信手拈来。我们建议有微生物学背景的年轻人抓紧这个机会、利用这个工具出成果。

              微生物代谢国家重点实验室

上海市微生物学会