报告人: 郝柏林 院士
复旦大学理论生命科学研究中心
报告时间:2013年4月25日 14:00-16:30
报告地点:上海交通大学闵行校区系统生物医学研究院一楼学术报告厅
联系人: 赵立平教授(电话34204878)
内容简介:
我们纪念Carl Woese(1928--2012年12月30日)这位伟大的微生物学家。他带来了生物三大超界(domains)的概念和16S/18S rRNA序列分析方法。然而,16S rRNA分析的弱点之一,是它不具备在种(species)以下的分辨能力。串接大量“核心”基因并进行联配(alignment),可以达到很高的分辨率,但人们总可以质疑所得结果的客观正确性,因为基因片段的选择和序列联配必然带有主观随意性。我们需要不含参数(parameter-free)的分析方法。“不含参数”这个带理论物理色彩的要求也可以在生物学里实现。我们将举例说明CVTree就是一种这样的方法。当前不断发表的细菌基因组,代表“新”属、科、目、纲、门的越往上越少,而来自亚种以下的却不断增加。构建同一个细菌的几十个菌株的亲缘树,超乎16S rRNA序列分析的可能,而靠蛋白质序列联配等传统手段又极其耗时费力,借助CVTree却几乎可以信手拈来。我们建议有微生物学背景的年轻人抓紧这个机会、利用这个工具出成果。
微生物代谢国家重点实验室
上海市微生物学会