微生物代谢国家重点实验室2011年4月获科技部立项建设，2013年10月通过建设验收进入正式运行，以微生物代谢途径揭示与改良为目标，开展微生物菌种的筛选、代谢产物的发现和鉴定、代谢基因的克隆、生化和调控机理的解析、新型代谢物的设计和组合生物合成、分解、代谢互作以及代谢产物的生物效应评价等全方位的基础与应用基础研究。实验室定位准确，研究特色鲜明，形成了微生物合成代谢、微生物分解代谢、微生物代谢互作三个相互联系、互为依托的研究方向。