上海交通大学生命科学仪器平台实行资源共享、大型仪器设备和常用专用仪器设备二级管理。目前已在“211”、“985”二期中投入3000万建设生命科学大型公共仪器平台，并将三期中继续投入4000万元加强微生物代谢研究常用及专用共享仪器平台的建设。
大型公共仪器平台中主要大型设备包括：超高真空扫描探针显微镜系统、多晶X射线粉末衍射仪、全自动氨基酸分析仪、基因分析系统、液相色谱质谱联用仪等大型仪器设备。常用、专用共享仪器平台主要是中小型设备和微生物代谢研究常用仪器，按照微生物基因资源、生理生化与组学技术、代谢途径与代谢工程、微生物产品应用与评价四个功能模块进行建设，主要是中小型设备和微生物代谢研究常用仪器，与校级大型仪器相辅相承互为补充。
在微生物代谢教育部重点实验室的管理中，贯彻“三个整合、两个保证”的原则，即实验设施整合、研究队伍整合、学科交叉整合，保证稳定的主体研究队伍、保证固定集中的实验研究平台与仪器平台，并积极与其他实验平台将实行资源共享，微生物代谢仪器平台的实验设施、试验仪器和科研资源均向学校开放，学校其他研究单位的科研人员经过申请也可以同等使用代谢工程创新平台的资源。
目前公共仪器平台制度框架已经建立，并制定了《大型仪器设备使用管理规定》等管理性规章。平台大型仪器设备总值达3000万元，仪器设备购置及管理情况良好，所管理的仪器运行良好。1