微生物代谢国家重点实验室（上海交通大学）于2011年获科技部批准建设。实验室面向微生物代谢科学前沿和产业重大需求，探索微生物合成与分解代谢的机理，揭示微生物代谢活动的生理功能、调节网络和互作方式，力求科学探索微生物细胞工厂的内在驱动力，服务于现代生物产业的转型升级，实现微生物代谢潜能的优化释放。
实验室由邓子新院士担任主任，赵国屏院士担任学术委员会主任。实验室设有微生物合成代谢、分解代谢、代谢互作三大研究方向，发挥多学科交叉优势，在微生物表观遗传学、环境微生物学、微生态与健康、天然产物生物合成与合成生物学等众多研究领域成绩斐然。DNA硫修饰作为原创性研究，已在国际上开启了一个新的学科分支；建成了具有国际影响的天然产物基因资源库和药物及前体化合物库；破解了若干杂环污染物的分解机制，促进了“变废为宝”的高值化合物合成；创立了天然药物在微生物中的人工合成途径，推动了药物合成生物学的发展；解析了肠道微生物与糖尿病、肥胖症等发生之间的机制，为代谢性疾病的防控提供了新的靶点和思路等。近五年来，实验室先后承担了包括重大、重点项目在内的科研项目200余项，发表SCI论文近700篇，获得省部级一等奖8项。
秉承“博学、求新、敬业、融洽”的理念，一批治学严谨、学术造诣深厚、科研成果丰硕的知名学者汇聚于此，其中中国科学院院士1人，国家重点研发计划项目负责人13人次、千人、杰青、长江、万人等国家级高层次人才13人次、“四青”等国家级青年人才21人次。这支中青年为骨干的队伍活跃于国际研究前沿，先后10人次当选国际一流学术组织Fellow，10余位人次在国际重要学术组织中担任主席、秘书长等重要职务，一批实验室成员在Chemical Biology、ISME J、Process Biochemistry、Biotechnology & Applied Biochemistry等国际学术期刊中担任主编、副主编、高级编辑等职务。
实验室遵循“开放、流动、联合、竞争”宗旨，贯彻创新驱动发展战略，与国内外众多一流大学、机构及企业建立了实质性科研合作关系，形成了代谢科学合作网络，搭起了协同创新、资源共享和人才共育的桥梁。作为牵头单位，协同上海地区合成生物学相关力量，在国内率先发起“合成生物学创新战略联盟”，助力上海科创中心建设。
卓越的研发实力，丰硕的科研成果，精湛的专业技能，微生物代谢国家重点实验室已经成为人才培养、科学研究和学术交流的高地，培养了一批又一批优秀学生，推动上海交通大学生物学学科迈入全国A+行列、生物工程学科入选国家首批新增一级学科、生物化学与分子生物学跻身ESI排行全球Top1‰。我们将秉持初心，不断探索，勇于创新，为推动微生物代谢科学及其相关产业迅猛发展、夯实我国在微生物代谢科学研究领域引领地位而努力奋斗！