Computational Chemistry and Molecular Bioinformatics

Research Interest

By incorporating informatics and computation, we study molecular basis of epigenetic, protein endogenous chemical 
modification, and enzymatic reaction.

1. Computational Chemical Biology: study the chemical biology with molecular mechanistic and quantum mechanistic, 
at the atomic-molecular and electronic level. We focus on physiochemical functions upon chemical modifications in 
genomics and proteomics, such as protein S-nitrosylation and DNA-thiolation.

2. Enzyme Chemistry and Engineering: study mechanisms for enzymatic reactions, and then design particular substrates 
for medical applications or artificial enzymes for industrial applications. We develop methods using template of nanozyme 
and theozyme, and then apply for thioesterase, laccase, lipase, etc.

3. Bioinformatics and Biostatistics: mainly focus on abstracting information from public databases and literatures, which 
is related to signal translation, metabolism and microbial biosynthesis, in order to understand functional genomics.

4. Algorithm implementation: develop semi-empirical methodology, such as tight-binding density function theory, for the 
large-scale calculation in biochemistry. Develop new algorithms for large-scale computation.

Computational Chemistry and Molecular Bioinformatics [QUICK LINKS]

Molecular microbiology 

The Microbial Bioinformatics Group at the State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Shanghai Jiaotong University, 
is focused on genome mining for bacterial mobile genetic elements, including: (i) characterization of the genomic islands 
of Klebsiella pneumoniae and other Enterobacteriaceae opportunistic pathogens; (ii) development of the bioinformatics 
tools/databases for island analysis; (iii) identification of biosynthetic gene clusters for antibiotics in Streptomyces genomes. 
Molecular microbiology [QUICK LINKS]