欧竑宇
Hong-Yu Ou
长聘教授
博士生导师
研究重点：
微生物基因组学和生物信息学
欧竑宇，上海交通大学生命科学技术学院长聘教授，博士生导师。长期从事微生物基因组学和生物信息学的教学和科研工作。针对肺炎克雷伯菌等临床重要的耐药病原菌，采用基因组学、生物信息学和分子遗传学等实验和计算方法，开展移动遗传元件的复杂结构和转移机制的研究，发展一系列开放数据库和软件工具。迄今以第一或通讯作者在Nucleic Acids Research (16篇)、Nature Machine Intelligence、Genome Medicine和Research等国际刊物发表论文六十余篇。先后主持十余项国家和省部级项目；曾获美国康奈尔大学“唐氏中国学者”等项目支持；获2023年上海市科技进步二等奖、上海医学科技二等奖，以及2008年明治乳业生命科学奖。
教育经历
Educational experience
2001.03-2004.02 天津大学, 生物物理学, 博士
1998.09-2001.03 天津科技大学, 发酵工程, 硕士
1993.09-1997.07 南京农业大学, 食品科学与工程, 学士
工作经历
Work experience
2020.08-至今 上海交通大学, 生命科学技术学院, 长聘教授
2015.10-2016.09 美国康奈尔大学, 农业与生命科学学院, 访问教授
2011.12-2020.07 上海交通大学, 生命科学技术学院, 教授
2006.06-2011.12 上海交通大学, 生命科学技术学院, 副教授
2004.06-2006.05 英国莱斯特大学医学院, 博士后
荣誉获奖
Honours and Awards
2023 上海市科技进步二等奖
2023 上海医学科技二等奖
2008 明治乳业生命科学奖
代表性论文
Representative works
(1) Liu G, Li X, Guan J, Tai C, Weng Y, Chen X*, Ou HY* (2025) oriTDB: a database of the origin-of-transfer regions of bacterial mobile genetic elements. Nucleic Acids Research, 53(D1):D163–D168.
(2) Guan J, Chen Y, Goh YX, Wang M, Tai C, Deng Z, Song J, Ou HY* (2024) TADB 3.0: an updated database of bacterial toxin-antitoxin loci and associated mobile genetic elements. Nucleic Acids Research, 52(D1):D784–D790.
(3) Wang M, Liu G, Liu M, Tai C, Deng Z, Song J, Ou HY* (2024) ICEberg 3.0: functional categorization and analysis of the integrative and conjugative elements in bacteria. Nucleic Acids Research, 52(D1):D732–D737.
(4) Zhang Y, Wang Z, Jiang Y, Littler DR, Gerstein M, Purcell1 AW, Rossjohn J, Ou HY*, Song J* (2024) Epitope-anchored contrastive transfer learning for paired CD8+ T cell receptor-antigen recognition. Nature Machine Intelligence, 6:1344–1358.
(5) Chen Y, Goh YX, Li P, Guan J, Chao Y, Qu H*, Ou HY*, Wang X* (2024) RES-Xre toxin-antitoxin locus knaAT maintains the stability of the virulence plasmid in Klebsiella pneumoniae. Emerging Microbes & Infections, 13(1):2316814.
(6) Zhang J, Xu Y, Wang M, Li X, Liu Z, Kuang D, Deng Z, Ou HY*, Qu J* (2023) Mobilizable plasmids drive the spread of antimicrobial resistance genes and virulence genes in Klebsiella pneumoniae. Genome Medicine, 15(1):106.
(7) Zhang Y, Guan J, Li C, Wang Z, Deng Z, Gasser RB, Song J*, Ou HY* (2023) DeepSecE: a deep learning-based framework for multi-class prediction of secreted proteins in Gram-negative bacteria. Research, 6:0258.
(8) Liu Z, Guan J, Chen Z, Tai C, Deng Z, Chao Y*, Ou HY* (2023) CpxR promotes the carbapenem antibiotic resistance of Klebsiella pneumoniae by directly regulating the expression and the dissemination of blaKPC on the IncFII conjugative plasmid. Emerging Microbes & Infections, 12(2):2256427.
(9) Li P, Goh YX, Wang M, Ilic B, Tai C, Deng Z, Djordjevic M, Ou HY* (2023) Antibiotic-induced degradation of antitoxin enhances the transcription of acetyltransferase-type toxin-antitoxin operon. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 78(4):1066-1075.
(10) Zhang J, Guan J, Wang M, Li G, Djordjevic M, Tai C, Wang H, Deng Z, Chen Z*, Ou HY* (2023) SecReT6 update: a comprehensive resource of bacterial Type VI Secretion Systems. SCIENCE CHINA Life Sciences, 66(3):626-634.
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