魏冬青
Dong-Qing Wei
长聘教授
博士生导师
研究重点：
AI合成生物学，代谢酶结构与功能，生物信息学
魏冬青，英国皇家化学会会士(Fellow)， 生物工程学会生物信息专委会副主委、国际交叉科学学会会长,交叉科学计算生命科学主编（Q1）。荣获横山亮次奖，上海市科学进步一等奖等国内外奖项。 魏冬青教授出身化学，应用人工智能超级算法在生物学、物理学、药学、中药学等多个学科领域做出了开拓性工作，是学科交叉的成功典范，。目前主要从事AI 合成生物学，特别是花椒素等天然来源分子的生物合成，基于人工智能的酶定向进化研究，分子模拟，AI辅助药物设计等。在PRL、JACS、Gastroenterology和Nature子刊等期刊发表科学论文700多篇，主编专著14部，SCI引用19000多次, h因子74，i10因子 379, 高被引学者。
教育经历
Educational experience
1987.08-1992.12 加拿大不列颠哥伦比亚大学 博士后研究和研究学者
1985.09-1987.07 美属波多黎各大学 化学物理学 博士
1981.02-1985.01 河南师范大学 物理化学 硕士
1978.09-1981.01 河南师范大学，化学 学士
工作经历
Work experience
2006.02-至今 上海交通大学 生物信息与生物统计系暨微生物代谢国家重点实验室 长聘教授（二级），曾任天津市特聘教授（海河学者），河南省特聘教授
2002.01-至今 加拿大康克迪亚大学分子设计研究中心成员(兼职)
1999.07-2000.07 北京大学 教授
1993.01-2006.02 加拿大计算及其应用研究中心，任研究员
荣誉获奖
Honours and Awards
获得横山亮次(Yokoyama Ryōji)奖，上海交大科学技术奖，上海市微生物学会抗疫突出贡献优秀会员，中华医学二等奖，上海市科学进步一等奖, 计算机协会自然科学二等奖
代表性论文
Representative works
1. Mao, X.Y., Chu, Y.Y, Wei, D. Q.*, “Designed with interactome-based deep learning”, Nature Chem. Bio., 2024, DOI 10.1038/s41589-024-01754-7.
2. Yitian Fang, Mingshuang Luo, Zhixiang Ren, Liyi Wei*, Dong-Qing Wei*, “CELA-MFP: a contrast-enhanced and label-adaptive framework for multi-functional therapeutic peptides prediction, 2024, Briefings in Bioinformatics, DOI: 10.1093/bib/bbae348.
3. Katewadee Boonyapakron, Braden Keiser et al, “Hyperthermophilic xylanase and thermophilicity analysis by molecular dynamic simulation with quantum mechanics”, Applied Microbiology and Biotechnology, 2024, 108,DOI: 10.1007/s00253-024-13356-3.
4. Peerapat Khamwachirapithak, Kittapong Sae-Tang et al, “Optimizing Ethanol Production in Saccharomyces cerevisiae at Ambient and Elevated Temperatures through Machine Learning-Guided Combinatorial Promoter Modifications”, 2023, ACS Synthetic Biology, DOI: 10.1021/acssynbio.3c00199.
5. Chu, Y., Zhang, Y., Wang , Q.K., Zhang, L.F.,Wang, X.H., Wang, Y.J., , Salahub, D.R., Xu, Q.., Wang, J.M., Jiang,X., Xiong, Y*,and Wei, D.Q.*,“A transformer-based model to predict peptide–HLA class I binding and optimize mutated peptides for vaccine design”, Nature Machine Intelligence, 2022, 4(3):300-311, DOI: 10.1038/s42256-022-00459-7 (2021).
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