熊毅
Yi Xiong
副研究员
博士生导师
研究重点：
基于人工智能的生物大分子设计与优化方法及在药物、疫苗研发中的应用
熊毅，本科、博士毕业于武汉大学计算机学院（2002-2011），普渡大学生物学系博士后（2012-2013）。目前担任上海交通大学生命科学技术学院/张江高等研究院研究员，博士生导师。主要从事AI驱动的生物大分子功能设计与优化、AI驱动的药物发现与疫苗设计等研究方向。主持国家重点研发计划课题、国家自然科学基金面上项目、上海市教委重点项目等。以通讯作者（含共同）在Nature Machine Intelligence等期刊发表论文多篇。
教育经历
Educational experience
2012.01-2013.12 普渡大学，生物学系，博士后
2006.09-2011.12 武汉大学，计算机应用技术，博士
2002.09-2006.06 武汉大学，软件工程， 学士
工作经历
Work experience
2024.06-至今 上海交通大学，生命科学技术学院，研究员
2023.09-至今 上海交通大学，张江高等研究院，课题组长
2018.12-2024.06 上海交通大学，生命科学技术学院，副研究员
2014.01-2018.12 上海交通大学，生命科学技术学院，助理研究员
代表性论文
Representative works
1. Yanyi Chu†, Yan Zhang†, Qiankun Wang, Lingfeng Zhang, Xuhong Wang, Yanjing Wang, Dennis Russell Salahub, Qin Xu, Jianmin Wang, Xue Jiang, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. A transformer-based model to predict peptide-HLA class I binding and optimize mutated peptides for vaccine design. Nature Machine Intelligence. 2022;4:300–311.
2. Bowen Zhao, Kailu Song, Dong-Qing Wei, Yi Xiong*, Jun Ding*. scCobra allows contrastive cell embedding learning with domain adaptation for single cell data integration and harmonization. Communications Biology. 2025;8:233.
3. Zhenghong Zhou†, Junwei Chen†, Shenggeng Lin, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Yi Xiong*. GRATCR: epitope-specific T cell receptor sequence generation with data-efficient pre-trained models. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics. 2025;29(3): 2271-2283.
4. Junwei Chen, Bowen Zhao, Shenggeng Lin, Heqi Sun, Xueying Mao, Meng Wang, Yanyi Chu, Liang Hong, Dong-Qing Wei, Min Li*, Yi Xiong*. TEPCAM: prediction of T cell receptor-epitope binding specificity via interpretable deep learning. Protein Science. 2024;33(1):e4841.
5. Shenggeng Lin, Weizhi Chen, Gengwang Chen, Songchi Zhou, Dong-Qing Wei*, Yi Xiong*. MDDI-SCL: predicting multi-type drug-drug interactions via supervised contrastive learning. Journal of Cheminformatics. 2022;14:81.
返回列表页