徐沁
Qin Xu
副研究员
硕士生导师
研究重点：
计算结构生物学，生物物理，深度学习，药物设计
主要从事计算结构生物学研究，通过统计预测和分子模拟方法，研究生物膜、蛋白质及其它大分子复合物的微观结构、动态构象变化、相互作用、催化作用机理等等；同时利用生物信息学和生物统计学方法基于分子结构特征辅助药物设计和蛋白质改造。近期的研究工作包括凝血因子、丝苏氨酸激酶等重要酶/蛋白质的突变调控机制、药物小分子设计与深度学习预测等等。相关论文发表于J. Am. Chem. Soc.、Chem-Eur. J.、J. Chem. Theory Comput.、Phys. Chem. Chem. Phys.、Sci. Rep.、Thrombosis and Haemostasis、Comput. Struct. Biotec. J. 等杂志。主持或参与国家自然科学基金、国家重点研发计划等国家级科研项目。参与主编专著3部，担任多家SCI期刊编委或审稿人。
教育经历
Educational experience
2010-2012 田纳西大学/橡树岭国家实验室分子生物物理中心 博士后
2009 美国田纳西大学 统计学硕士双学位
2008 美国田纳西大学 生物博士学位
2001 北京大学 生物学士学位
工作经历
Work experience
2013-至今 上海交通大学，生命科学技术学院 副研究员
2019 兼职上海交通大学-耶鲁大学，生物统计和数据科学联合中心 研究员
2018-2023 兼职浙江大学台州研究院，材料科学与技术研究所 特聘研究员
荣誉获奖
Honours and Awards
代表性论文
Representative works
1. Shifeng Jiang, Fang Li, Lei Li, Xuefeng Wang, Dongqing Wei, Wenman Wu*, Qin Xu*. The Construction of a Molecular Model for the Ternary Protein Complex of Intrinsic Coagulation Pathway Factors Provides Novel Insights for the Pathogenesis of Cross-Reactive Material Positive Coagulation Factor Mutations. Int. J. Mol. Sci., 2025-05-28; 26(11):5191. doi: 10.3390/ijms26115191.
2. Junxi Mu#, Jiali Zhou#, Qingqiu Gong*, Qin Xu*. An Allosteric Regulation Mechanism of Arabidopsis Serine/Threonine Kinase 1 (SIK1) Through Phosphorylation. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2022; 20: 368-379. DOI: 10.1016/j.csbj.2021.12.033
3. Fang Li#, Changming Chen#, Si-Ying Qu, Ming-Zhu Zhao, Xiaoling Xie, Xi Wu, Lei Li, Xuefeng Wang, Qiulan Ding, Qin Xu*, Dong-Qing Wei*, Wenman Wu*. The disulfide bond between Cys22 and Cys27 in the protease domain modulate clotting activity of coagulation factor X. Thrombosis and Haemostasis, 2019-06; 119(06): 871-881. DOI: 10.1055/s-0039-1683442 (Issue Cover Image Article)
4. Qin Xu, Yu-Zhuo Chu, Hao-Bo Guo, Jeremy C. Smith, Hong Guo*. Energy Triplets for Writing Epigenetic Marks: Insights from QM/MM Free-Energy Simulations of Protein Lysine Methyltransferases. Chem-Eur. J., 2009-10-30; 15(46): 12596-12599. DOI: 10.1002/chem.200902297
5. Qin Xu, Haobo Guo, Alexander Wlodawer, Hong Guo*. The Importance of Dynamics in Substrate-Assisted Catalysis and Specificity. J. Am. Chem. Soc., 2006-04-18; 128 (18): 5994 -5995. DOI: 10.1021/ja058831y
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