由德林
Delin You
长聘教授
博士生导师
研究重点：
DNA磷硫酰化修饰和微生物天然产物生物合成
由德林于2001年获得吉林大学生物化学博士学位，随后在北京大学进行博士后研究。他于2003年在上海交通大学生命科学技术学院工作，历任副教授、教授、长聘教授。2010-2011年在麻省理工学院进行合作研究。研究领域涉及微生物天然产物生物合成和DNA大分子磷硫酰化修饰。研究工作系统阐明了细菌中DNA磷硫酰化修饰的生理生化功能、基因组分布规律和调控机制，揭示了若干服务于中国农业生产的农用抗生素的生物合成机制，获得多个农用抗生素基因工程高产菌株并应用于生产。以通讯作者在PNAS、Cell Chemical Biology等期刊发表论文50余篇，先后主持承担国家自然科学基金重点及面上项目10项，主持及参与重大新药创制国家科技重大专项、国家高技术研究发展计划重大及重点项目10余项。
教育经历
Educational experience
1998-2001 吉林大学，生物化学与分子生物学 博士
1995-1998 吉林大学，生物化学与分子生物学 硕士
1987-1991 长春工业大学，高分子材料 学士
工作经历
Work experience
2003-至今 上海交通大学生命科学技术学院，副教授，教授，长聘教授
2010-2011 麻省理工学院生物工程系，访问学者
2001-2003 北京大学生命科学学院，博士后
荣誉获奖
Honours and Awards
2012 明治生命科学奖 (科学奖)
2008 首届上海交通大学晨星青年学者奖励计划（A类）
代表性论文
Representative works
1. Qiao Y, Wang J, Zhang D, Zheng X, Lin B, Huang Y, Liao Y, Deng Z, Kong L*, You D*.Biosynthesis of the benzylpyrrolidine precursor in anisomycin by a unique ThDP-dependent enzyme. Synth Syst Biotechnol. 2025, 10(1):76-85.
2. Kong L, Deng Z, You D*. Chemistry and biosynthesis of bacterial polycyclic xanthone natural products. Nat Prod Rep. 2022,39(11): 2057-95.
3. Cao B*, Wu X, Zhou J, Wu H, Liu L, Zhang Q, DeMott MS, Gu C, Wang L, You D*, Dedon PC*. Nick-seq for single-nucleotide resolution genomic maps of DNA modifications and damage. Nucleic Acids Res. 2020, 48(12): 6715-25.
4. Li J, Chen Y, Zheng T, Kong L, Zhu S, Sun Y, Deng Z, Yang L*, You D*. Quantitative mapping of DNA phosphorothioatome reveals phosphorothioate heterogeneity of low modification frequency. PLoS Genet. 2019, 15(4):e1008026.
5. Zheng X, Cheng Q, Yao F, Wang X, Kong L, Cao B, Xu M, Lin S, Deng Z, Chooi YH*, You D*. Biosynthesis of the pyrrolidine protein synthesis inhibitor anisomycin involves novel gene ensemble and cryptic biosynthetic steps. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017, 114(16):4135-40.
6. Kong L, Zhang W, Chooi YH, Wang L, Cao B, Deng Z, Chu Y, You D*. A multifunctional monooxygenase XanO4 catalyzes xanthone formation in xantholipin biosynthesis via a cryptic demethoxylation. Cell Chem Biol. 2016, 23(4):508-16.
7. Zheng T, Jiang P, Cao B, Cheng Q, Kong L, Zheng X, Hu Q*, You D*. DndEi exhibits helicase activity essential for DNA phosphorothioate modification and ATPase activity strongly stimulated by DNA substrate with a GAAC/GTTC motif. J Biol Chem. 2016, 291(3):1492-500.
8. Cao B, Chen C, DeMott MS, Cheng Q, Clark TA, Xiong X, Zheng X, Butty V, Levine SS, Yuan G, Boitano M, Luong K, Song Y, Zhou X, Deng Z, Turner SW, Korlach J, You D*, Wang L*, Chen S*, Dedon PC. Genomic mapping of phosphorothioates reveals partial modification of short consensus sequences. Nat Commun. 2014, 5: 3951.
9. Zhu T, Cheng X, Liu Y, Deng Z, You D*. Deciphering and engineering of the final step halogenase for improved chlortetracycline biosynthesis in industrial Streptomyces aureofaciens. Metab Eng. 2013, 19:69-78.
10. Zhang W, Wang L, Kong L, Wang T, Chu Y, Deng Z, You D*. Unveiling the post-PKS redox tailoring steps in biosynthesis of the type II polyketide antitumor antibiotic xantholipin. Chem Biol. 2012, 19(3):422-32.
11. Liu Q, Yao F, Chooi Y, Kang Q, Xu W, Li Y, Shao Y, Shi Y, Deng Z, Tang Y*, You D*. Elucidation of piericidin A1 biosynthetic locus revealed a thioesterase-dependent mechanism of α-pyridone ring formation. Chem Biol. 2012, 19(2):243-53.
12. Xu T, Yao F, Zhou X, Deng Z*, You D*. A novel host-specific restriction system associated with DNA backbone S-modification in Salmonella. Nucleic Acids Res. 2010, 38(20): 7133-41.
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